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Conservazione e diversitÓ nella regolazione di processi di sviluppo in specie coltivate e in piante modello - CISCODE

Responsabile scientifico: Simona Baima

 

Lo studio sarà basato sulla identificazione di elementi conservati in promotori di geni ortologhi in diverse specie, che includono importanti piante coltivate (footprint filogenetico) e l’analisi funzionale di questi elementi conservati in specie modello. Questi studi di genomica comparativa verranno compiti, attraverso la collaborazione di vari gruppi europei, su Arabidopsis, e su altre specie modello e piante coltivate (riso, pomodoro, colza, Antirrinum, Capsella) allo scopo di identificare i processi conservati e la loro regolazione. Verrà analizzata l’importanza relativa dei cambi nelle sequenze regolative dei geni target di fattori di trascrizione (TF) scelti. I geni verranno identificati attraverso (i) ricerche in silico per siti di legame di TF (in Arabidopsis e riso), (ii) identificazione di geni co-regolati mediante esperimenti di trascrittomica, (iii) usando TF inducibili in combinazione con l’analisi trascrizionale, (iv) determinando a livello genomico le sequenze legate in vivo per mezzo della immunoprecipitazione della cromatina (ChIP-CHIP).

 

Durata del progetto: 5/2007 –8/2010

Obiettivi

Definire il codice cis-regolativo implicato in punti chiave dello sviluppo riproduttivo delle piante

Parole chiave

geni target, fiore, regolazione

Partecipanti alla ricerca

Collaborazioni esterne

Ente finanziante

MIUR-ERAPG